Το 1212μ.χ. οι Ενετοί κατέκτησαν όλη την Κρήτη. Η ιστορία του φάρου, συνδέεται με την ιστορία του λιμανιού.
Τότε αποφάσισαν να οικοδομήσουν μια νέα πόλη πάνω στην αρχαία Κυδωνία .Τα σημερινά Χανιά.
Το λιμάνι δεν είναι όλο φυσικό. Αρχίζει να κατασκευάζεται ανάμεσα στο 1320 και 1356μ.χ.
Το έργο συνεχίστηκε για τα επόμενα 200 χρόνια οπότε κατασκευάστηκε και ο φάρος σε διαφορετική μορφή από τη σημερινή.
Από το 1645 μέχρι το 1830 στην Κρήτη παρέμεναν Τούρκοι κατακτητές.
Αυτοί δεν χρησιμοποιούσαν το λιμάνι των Χανίων αλλά της Σούδας. Έτσι με τα χρόνια (σε σφοδρή κακοκαιρία το 1834) ο φάρος καταστράφηκε αφού κανείς δεν φρόντιζε για την συντήρησή του.
Το 1830 οι Aγγλοι (με σκοπό να την πάρουν στο μέλλον την Κρήτη, όπως έπραξαν το 1878 με την Κύπρο) πίεσαν την Τουρκία και έδωσε την Κρήτη στους Αιγύπτιους.
Τότε έγιναν πολλά δημόσια έργα. Ο φάρος επισκευάστηκε πάνω στην αρχική του βάση. Όμως ο νέος φάρος είναι διαφορετικός από τον παλιό, μοιάζει πιο πολύ με μιναρέ. Έχει εσωτερική σκάλα που οδηγεί σε μπαλκόνι με γυάλινο πυργίσκο.
Έρευνες που έγιναν τον τελευταίο καιρό για την αντικατάσταση του φάρου έδειξαν ότι η βάση του φάρου, που είναι ενετική, χωρίζεται από τον υπόλοιπο φάρο με ξύλινη σχάρα.
Τα Χανιά τόσο κατά την ενετοκρατία όσο και κατά την τουρκοκρατία είχαν αρκετά ανεπτυγμένο το εμπόριο και την ναυτιλία. Όχι μόνον η εισαγωγή, αλλά και η εξαγωγή προϊόντων και διαφόρων ειδών ήταν αξιοσημείωτη. Ανάλογη με την κίνηση του εμπορίου ήταν και της ναυτιλίας, αν και διακινούνταν σχετικά λίγα πλοία λόγω της έλλειψης ευρέως και ασφαλούς λιμένος. Ήταν από τότε κοινά παραδεκτό το γεγονός πως ο ανοιχτός κόλπος των Χανίων, εκτεθειμένος στις καιρικές συνθήκες, δεν ήταν ιδιαίτερα κατάλληλος για λιμάνι.
Το φυσικό λιμάνι της Σούδας εξυπηρετούσε αρκετά ικανοποιητικά τις σχετικές ανάγκες.
Με την κατάληψη της πόλης από τους Γενοβέζους, επιβεβαιώθηκε για άλλη μία φορά η ανάγκη λειτουργίας λιμανιού κι έτσι οι τοπικές αρχές υποχρεώθηκαν να ξεκινήσουν οι ενέργειες για την κατασκευή του.
Επί Ενετοκρατίας, το 1302, το θέμα τέθηκε στην κυβέρνηση από τον ρέκτορα Marino Gradenigo και αυτή δέχτηκε την πρόταση.
Όταν άρχισαν τα αιτήματα για επισκευές από τους φορείς της πόλης, κατασκευάσθηκε για πρώτη φορά το λιμάνι μεταξύ του 1320 και του 1356. Μεγάλο πρόβλημα ήταν το γεγονός ότι αυτό ήταν ακατάλληλο και ότι η ανατολική του λεκάνη υπέφερε από τις προσχώσεις, που δημιουργούσαν τα νερά της βροχής ή των υπονόμων. Τα πλοία έρχονταν και έφευγαν σε ένα λιμάνι που ήταν μικρό και σχετικά αβαθές και ευπρόσβλητο στους βόρειους και δυτικούς ανέμους. Έτσι συχνά στις εκθέσεις των αξιωματούχων αναφέρονται οι εργασίες που εκτελούνται, αλλά και η ανάγκη καθαρισμού και εκβάθυνσης της κύριας ανατολικής λεκάνης.
Μετά από την επανάσταση του αγίου Τίτου το 1363/64 το λιμάνι εγκαταλείπεται και χρησιμοποιείται εκείνο του Ηρακλείου, μια και του Ρεθύμνου είχε κι αυτό ανάλογα προβλήματα.
Το 1551 αναφέρεται η εκβάθυνση της λεκάνης στο Χανιώτικο λιμάνι και η κατασκευή τοίχου με επάλξεις κατά μήκος του λιμενοβραχίονα, ο οποίος είναι θεμελιωμένος πάνω σε μια σειρά υφάλους που έκαναν το λιμάνι απροσπέλαστο στα πλοία.
Για την ανανέωση του νερού και την αποφυγή επιχωματώσεων, δημιουργήθηκε ένα άνοιγμα πάνω στο λιμενοβραχίονα και στο κέντρο του κατασκευάστηκε ο προμαχώνας του Αγίου Νικολάου, που κάλυπτε τη μεγάλη απόσταση μέχρι την είσοδο του λιμανιού, την οποία και προστάτευε, σε συνδυασμό με το απέναντι φρούριο Φιρκά.
Περίπου στα 1595 - 1601 κατασκευάστηκε από τους Ενετούς ένας φάρος, θεμελιωμένος σε φυσικό βράχο, που λειτούργησε ως πυρσός ανοιχτής φλόγας (φρυκτωρία) κι αναφέρεται ως "φανάρι" σε σχεδιάγραμμα κάτοψης της πόλεως των Χανίων του 1689 του V. Coronelli.
Αλλά το 1645 η πόλη πέφτει στα χέρια των Τούρκων μετά από πολιορκία - η κατάκτηση της Κρήτης ολοκληρώθηκε το 1669, όπως είναι γνωστό, μετά από 25ετή πόλεμο, με την κατάληψη του "Μεγάλου Κάστρου" ή "Χάνδακα", σημερινού Ηρακλείου.
Οι νέοι κατακτητές δεν έδειξαν ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη συντήρηση του Χανιώτικου λιμανιού, το οποίο αφέθηκε σε πλήρη εγκατάλειψη και δεν έγινε καμία επισκευή ή συντήρησή του, με την ανατολική λεκάνη του λιμένα να παραμένει ουσιαστικά άχρηστη σε όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας.
Κατά τα χρόνια της παραχώρησης της Κρήτης στον αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή (1830-1840), ως αντάλλαγμα των υπηρεσιών που προσέφερε στο Σουλτάνο κατά τη διάρκεια της Επανάστασης του 1821 στην Κρήτη και την Πελοπόννησο, αναγνωρίζεται η αξία του λιμανιού και το πόσο μπορεί να βοηθήσει στη βελτίωση της οικονομίας του τόπου.
Λέγεται ότι ο Μεχμέτ Αλή έδωσε εντολή στον Μουσταφά Πασά να καθαρίσει τη λεκάνη του λιμανιού των Χανίων, να επισκευάσει το λιμενοβραχίονα και να κατασκευάσει το Φάρο.
Όντως, πραγματοποιήθηκαν επισκευές στο λιμενοβραχίονα και εκβαθύνσεις στη λεκάνη του, εργασίες που κόστισαν (το 1838) 1.146.000 γρόσια.
Τότε κατασκευάστηκε και ο πρόβολος, ο πύργος δηλαδή του Φάρου που υπάρχει μέχρι σήμερα και εδράζεται στην ενετική τραπεζοειδή βάση πάνω σε φυσικό βράχο, με τα αρχιτεκτονικά του στοιχεία συνδεδεμένα με την τοπική παράδοση, όπως αυτή διαμορφώθηκε από τα τέλη της Βενετοκρατίας και εξής.
Την εποχή αυτή ο Φάρος μας πήρε τη μορφή που ξέρουμε.
Ο πύργος του κτίσματος αποτελείται από τρία τμήματα διαφορετικής διατομής:
το τμήμα της βάσης είναι οκτάγωνο,
το μεσαίο τμήμα είναι δεκαεξάγωνο
και το τρίτο κυκλικό.
Το υλικό κατασκευής της βάσης είναι της ίδιας προέλευσης και ποιότητας με αυτό που οι Ενετοί κατασκεύασαν τις οχυρώσεις της πόλης των Χανίων.
Σύμφωνα με τους αγγλικούς "φαροδείκτες" του 1847 και 1859 ο φάρος αναστηλώθηκε - πάνω στην Ενετική βάση του - και το 1839 λειτούργησε με τη νέα για την εποχή τεχνολογία. Τεκμηριωμένη πληροφορία για το πρώτο του φωτιστικό μηχάνημα δεν υπάρχει, όπως δεν υπάρχει και κάποιο στοιχείο που να δείχνει πότε σταμάτησε να λειτουργεί ως πυρσός ανοιχτής φλόγας.
O νέος φάρος είναι όπως ήδη αναφέρθηκε, διαφορετικός από τον αρχικό και θυμίζει περισσότερο μιναρέ και ως προς την μορφή του και ως προς την εσωτερική του πέτρινη σκάλα, που οδηγεί στο μπαλκόνι με το γυάλινο πυργίσκο.
Τα αρχιτεκτονικά στοιχεία μοιάζουν με αυτά των μιναρέδων,
γι΄αυτό και το μνημείο δεν κατατάσσεται σε κάποιον από τους τυποποιημένους πύργους των φάρων σε σχέση με την διατομή του. Είναι "φανός λιμένος" και αποτελείται μόνο από τον πύργο του φάρου, χωρίς την κατοικία των φυλάκων όπως οι υπόλοιποι επιτηρούμενοι φάροι, γιατί βρίσκεται σε κατοικημένη περιοχή οπότε δεν ήταν απαραίτητη η επίβλεψη της λειτουργίας του από μία εφαπτόμενη ή κοντινή στον πύργο κατοικία φυλακών.
Παρά ταύτα, γύρω στα τέλη του 19ου αιώνα, κατασκευάστηκε στην βάση του Φάρου κεραμοσκεπής κατοικία φυλάκων, που όμως κατεδαφίστηκε το 1965-66.
Ο πύργος του Φάρου είναι κατασκευασμένος σε λίθινους πελεκημένους δόμους από λευκό ψαμμίτη.
Το πάχος της λιθοδομής είναι 60 εκ. του μέτρου περίπου σε όλο το ύψος του πύργου. Στην κορυφή κάθε τμήματος του πύργου που αλλάζει η διατομή υπάρχει διάζωμα αντίστοιχης κάτοψης ενώ τα τμήματα κάτω από τα διαζώματα είναι διακοσμημένα με ανάγλυφα στοιχεία.
Σε όλο το ύψος τους εσωτερικά υπάρχει περίτεχνη κλίμακα από λιθοδομή που λειτουργεί και ως ελικοειδές στοιχείο ακαμψίας.
Το 1864 ο Φάρος περιήλθε στην δικαιοδοσία της "Γαλλικής Εταιρίας Οθωμανικών Φάρων" και λειτούργησε με φωτιστικό μηχάνημα, "κατοπτρικό Δ' τάξεως".
Κατά το τέλος της τουρκικής κατοχής κατασκευάστηκε η σκάλα της ανατολικής πλευράς, στην είσοδο δηλαδή του πύργου του Φάρου.
Το περιμετρικό συμπαγές πέτρινο στηθαίο και το οκταγωνικό φυλάκιο με το μικρό τρούλο είναι νεότερες κατασκευές.
Έχουν επίσης δημιουργηθεί αγωγοί μέσω των οποίων διέρχεται θαλάσσιο νερό κάτω από την επιφάνεια της βάσης του φάρου.
Η προσέγγιση βέβαια των μεγάλων πλοίων κατά το παρελθόν γινόταν έξω από το λιμάνι. Σταματούσαν "αρόδο" όταν οι καιρικές συνθήκες το επέτρεπαν, και οι επιβάτες και τα φορτία μεταφέρονταν με βάρκες στο χώρο μπροστά από τέμενος Κιουτσούκ Χασάν, το γνωστό μας Γιαλί Τζαμισί .
Ο περιηγητής Ρολλαίν σημειώνει:
"Η πόλις των Χανίων έχει λιμένα τεχνητόν, τον μεγαλύτερον των τεχνητών λιμένων των τριών μεγάλων Κρητικών πόλεων.
Ο λιμήν είναι κλειστός από το μέρος του πελάγους δι' ενός συγκροτήματος εκ βράχων οίτινες υπερέχουν ολίγων της θαλάσσης και επ'αυτών δια μολώσεως εκτείνειται είς κυματοθραύστης μήκους 377 μέτρων με έναν εν τω μέσω προμαχώνα και με έναν εις το άκρον πύργον, όστις χρησιμεύει ως φάρος.
Ο λιμήν ούτος δεν δύναται να δεχθεί περισσότερα των 40 πλοίων των 300 τόνων".
Από τα χρόνια της Κρητικής Πολιτείας επεκτείνεται σταδιακά η κρηπίδωση του λιμανιού, η οποία ολοκληρώνεται τα τελευταία χρόνια.
Σε παλιά έκδοση περί της πόλεως Χανίων την εποχή αυτή αναφέρεται:
"Η πόλις έχει το πλείστον λιθοστρώτους και στενάς οδούς, μικράν πλατείαν των Μαυροβουνίων καλούμενην (πρότερον Σανδριβάνι) και πλακόστρωτον προκυμαίαν. Ο λιμήν των Χανίων είναι μικρός και σχετικώς αβαθής δεχόμενος εν τοις ύδασιν αυτού μικράς χωρητικότητας ατμόπλοια, λίαν δε επισφαλής άτε προσβαλλόμενος υπό βορείων και δυτικών ανέμων. Εις την είσοδο αυτού αριστερά ως προς τον εισπλέοντα υπάρχει φάρος με ακίνητον λευκό φως ορατόν εξ'αποστάσεως 12 μιλίων".
-Ο Φάρος ων Χανίων προστέθηκε στο Ελληνικό Φαρικό Δίκτυο μετά την Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, το 1913.
Σημειώνεται ότι οι φάροι την Κρήτης δεν αναφέρονται στον έγκυρο φαροδείκτη του Λυκούδη του 1914 διότι προφανώς δεν θα είχε ολοκληρωθεί η διαδικασία παράδοσης - παραλαβής τους από την Γαλλική εταιρία και το Ελληνικό πολεμικό ναυτικό.
Ο Χανιώτικος Φάρος λειτούργησε το 1933 ως φανός λιμένος "ερυθρός σταθερός", αλλά το 1941 το φωτιστικό του μηχάνημα καταστράφηκε από τους Γερμανούς. το οποίο και αποκαταστάθηκε αργότερα και ο φάρος επαναλειτούργησε το 1945.
-Το 1962 το φορτηγό πλοίο "Άφοβος" προσέκρουσε στη βορειοδυτική γωνία της βάσης του φάρου, που τμήμα της είχε ήδη καταρρεύσει, με αποτέλεσμα να αποκολληθεί το βόρειο τμήμα της τοιχοποιίας.
Ο φάρος μας, το στολίδι και σήμα κατατεθέν της πόλης , έχει ύψος 21 μ., με ύψος εστίας από την επιφάνεια της θάλασσας, 26 μέτρα και το φως του φτάνει σε απόσταση 7 μιλίων.
Είναι ο παλαιότερος που σώζεται μέχρι σήμερα, όχι μόνο των Ελληνικών παραλίων αλλά και της Μεσογείου κι ένας από τους παλαιότερους στον κόσμο.
Ο αρχικός, από το 1595 ως το 1834 φάρος των Χανίων.
Ο από το 1838 ως σήμερα παγκόσμια γνωστός Φάρος των Χανίων
*Συλλογή, επεξεργασία, επιμέλεια ιστορικών στοιχείων και εικόνων, Κώστας Σ. Ντουντουλάκης
Με τον Αλέξανδρο συναντηθήκαμε στην πλατεία Λένιν στο κέντρο της Συμφερόπολης. Στο μέρος όπου οι κάτοικοι της Κριμαίας πανηγύρισαν το αποτέλεσμα του περυσινού δημοψηφίσματος. Καθόμαστε σε ένα καφέ που θυμίζει σύγχρονη εκδοχή καφενείου σε μεγάλο χωριό της Ελλάδας. Κατακόκκινο εσωτερικό και εξαιρετικός εσπρέσο. 
Ο Γιώργος είναι 31 ετών. Ενας σύγχρονος Ευρωπαίος που έχει ταξιδέψει και στις δύο πλευρές του Ατλαντικού, σπούδασε στο Λονδίνο και χρησιμοποιεί με μεγαλύτερη ευχέρεια τα αγγλικά από τα ελληνικά.